相较于普通的防水材料，复合土工膜外层的土工布增大了接触面的摩擦系数，有利于提高复合土工膜及保护层的稳定性，具备更好的防水、防渗性能，为水利工程防渗提供有力的保障，因此其常用于水库、堤坝、排水沟渠的防渗处理。

复合土工膜应用于水利工程中常见的问题有：遭受石块或其它尖棱物的穿刺破坏；受到温度、重力、土体位移、浪击和水位变化等因素的影响，可能引起大面积滑动，使土工膜产生过度拉伸、撕裂。因此在施工中除了要注意施工细节，还要选择优质土工膜，确保工程质量，避免或减少类似问题的出现。